Les glucides ou hydrates de carbone sont formés de petites molécules (monosaccharides), ou de molécules plus grosses (disaccharides).

Les monosaccharides englobent le glucose, le fructose et le galactose. Ces sucres nécessitant peu d'efforts de digestion, ils sont rapidement absorbés par la paroi intestinale et constituent de ce fait les sources de sucre à privilégier. Glucose et fructose sont présents dans les fruits, les légumes et le miel. Le galactose est quant à lui contenu dans les laitages fermentés tels que les yogourts.

Les disaccharides sont eux formés de molécules plus grosses, plus difficiles à digérer et donc moins facilement absorbables par la paroi intestinale. Les plus courants sont le saccharose ou sucrose (sucre blanc de canne ou de betterave), le lactose (sucre du lait), et le maltose (issu de la digestion des amidons). Mal digérés, les disaccharides séjournent dans les intestins et alimentent bactéries, virus et champignons ainsi que la production de toxines qui va de pair.

Les amidons, transformés par la digestion en maltose, constituent le principal apport en hydrates de carbone. Composés de grosses molécules formées de centaines de monosaccharides, ils sont de ce fait difficiles à digérer et alimentent eux aussi la flore pathogène. Une fois digéré, le maltose demeure un disaccharide qui ne peut être absorbé si la flore et les villosités de la paroi intestinale ne font pas leur office. D'où l'intérêt, au cas par cas, de limiter pendant un certain temps la consommation de céréales (dont le riz, souvent consommé dans le cadre d'un régime sans gluten) et de légumes riches en amidon afin de laisser à la paroi intestinale le loisir de s'améliorer.

Plus généralement, le sucre (sucrose) élève le glucose sanguin et donc la production d'insuline, perturbe la flore intestinale et le système immunitaire, favorise l'apparition du diabète, déséquilibre le métabolisme des minéraux et des vitamines et la fonction enzymatique. En effet, pour métaboliser une molécule de sucre, l'organisme a par exemple besoin d'environ 56 molécules de magnésium. Sur le plan du comportement, le sucre peut être facteur d'hyperactivité, de fatigue, d'agressivité. Il peut être limité au profit d'autres aliments au pouvoir sucrant tels que fructose, xylithol, fruits, miel.

Tripeptide formé d'un acide glutamique, d'une cystéine et d'une glycine, qui intervient dans des réactions diverses. Le glutathion revêt trois formes : la glutathion peroxydase, qui catalyse la réduction des radicaux libres et des peroxydes, la glutathion réductase, qui diminue l'énergie d'activation des réactions d'oxydo-réduction, et la glutathion oxydase, qui catalyse ces réactions.

Le glutathion joue plusieurs rôles essentiels : il favorise la pénétration des acides aminés dans les cellules, exerce un effet antioxydant puissant, soutient le système immunitaire, protège les intestins contre l'inflammation, restaure la fonction du foie. Essentiellement stocké dans le foie, il est peu absorbé par voie buccale mais peut-être administré par voie transdermale et veineuse.

Aussi appelé côlon, le gros intestin héberge des bactéries pouvant décomposer des molécules que le corps humain n'est pas capable d'assimiler. Cette flore intestinale est indispensable au bon fonctionnement du processus de digestion.